通常の許可基準よりも、高いレベルの基準を満たしている業者に対して、許可行政庁である都道府県や政令市が、優良業者として認定するものです。平成23年4月1日より制度の運用が開始しました。
優良業者として認められると、許可の有効期間が5年から7年に延長され、営業的にも優良業者であることをアピールできます。優良業者として認定されるための基準は、以下のようになっています。
① 法令の遵守
許可の有効期間内（優良認定を受けていない許可業者においては5年間、優良認定を受けている許可業者においては7年間）において、法令に基づく改善命令、指示命令、取消し処分等の処分を受けていないこと。
② 事業の透明性
法人の基礎情報、許可の内容、業務における処理施設、処理状況などの情報を、インターネット上で公開しており、なおかつ情報を所定の頻度で更新していること。
インターネット上での公開であれば、自社のホームページでもよく、公開していても情報誌など他の媒体では認められません。
③ 環境に配慮した事業活動
ISO14001またはエコアクション21（もしくは相互認証されている認証制度）による認証を受けていること。
④ 電子マニフェストへの対応
（財）日本産業廃棄物処理振興センターの電子マニフェストシステム（JWNET）に加入し、産業廃棄物の排出事業者の要請によって、電子マニフェストに対応できること。
※電子マニフェストとは、排出事業者が産業廃棄物の処理の流れを把握できるように、従来の紙マニフェストに代わる手段として、JWNETで一元管理される電子データ（マニフェスト）。
⑤ 財政体質の健全性
次のいずれも該当することが求められます。
・直前3年のいずれかの事業年度において、自己資本比率が10％以上であること
・直前3年の各事業年度における経常利益等の平均値が0以上であること
・業に関連する税金や保険料を滞納していない
・特定一般廃棄物最終処分場および特定産業廃棄物最終処分場について、維持管理積立金を積み立てている
優良認定は、許可の更新時に、許可を受けた行政庁に申請します。制度以前に許可を受けている場合には、同じく許可を受けた行政庁に、優良確認を申請することができます。
優良認定・優良確認の申請は、許可を受けている区分のみ可能で、産廃収集運搬業で許可を受けている許可業者が、特別管理産廃収集運搬業や、産廃処分業について申請することはできません。