建設業許可の有効期間は5年間で、有効期間の満了30日前までに更新の申請をすれば、有効期間が満了してしまっても、更新に対する処分がされるまで既存の許可は有効になります（建設業法第3条第4項）。
この規定があるので、更新については30日前までで問題ありませんが、更新と他の申請区分（業種追加、般・特新規）が同時に申請されると、処理の順番によっては更新の処理が間に合わないことも考えられます。
そのため、各行政庁とも更新と他の申請区分が同時に申請されるときは、許可の有効期間が満了を迎えないように更新の処理を先にしていると考えられますが、30日以上の期間、例えば60日前を過ぎると受け付けないといった運用もされています。
その場合、複合の申請区分では受け付けられないので、個別の申請区分に分けて受け付け、更新を先に処理します。
結果的に更新以外の申請区分の処理が遅れることになり、それでは同時期に申請する意味が失われてしまいますし、個別の申請区分に分けると申請書類をそれぞれ用意するので大きな手間が掛かります。
業種追加や般・特新規の許可を申請するタイミングは、事業として必要になったことが理由である場合が多いため、許可の遅れが事業に影響する可能性は高いでしょう。
更新と他の申請区分を同時に申請するときは、時間的に余裕を持って申請することが大切です。