手数料を支払い、申請書類を提出して申請が受け付けられると、申請書類と添付書類による審査が行われ、問題がなければ許可という流れですが、提出した書類によっても確認できない点があれば、追加で書面の提出を求められることも当然あります。
また、実態調査として、許可申請の関係者（経営業務の管理責任者、専任技術者等）から事情を聴取したり、営業所について立入検査をしたりする場合もあります。
正しい書類によって申請が行われ、許可が下りるまでの期間は、行政庁によって異なるので一概にどのくらいとはいえず、知事許可を得るためには概ね1ヵ月から1ヵ月半程度、大臣許可を得るためには概ね3ヵ月から4ヵ月程度掛かります。
この期間は、あくまでもスムーズに審査が進行した場合であって、審査状況によって変化します。
仮に不許可になった場合、審査中に申請を取り下げた場合のいずれでも、大臣許可の登録免許税だけは返還されますが、そのほかの手数料は返還されません。
許可・不許可の決定については、知事許可であれば都道府県、大臣許可であれば国土交通省地方整備局（北海道は北海道開発局）から許可通知書、または不許可（拒否）の通知が郵送で届きます。
行政庁によりますが、この許可通知書を行政書士等の代理人ではなく、申請時の主たる営業所（本店）に転送不要で郵送する方法を採用している場合もあります。
その理由には、営業所として存在している実態を確認する意味があり、許可通知書が受領されずに返送されると、許可されない事態になることがあるので注意が必要です。
※受領されずに返送があると、行政庁の職員による営業所の立入検査も考えられます。
ちなみに、建設業の許可通知書は、単に通知書としての紙1枚で、事務所に掲げる建設業の許可票（俗に言う金看板等）は、自前で用意します。
許可票には大きさと記載内容の規定があるだけで、材質は自由ですが、見た目という点で事務所用には額に入った金看板等が、工事現場には白地に黒文字が広く使われています。