経営事項審査は、公共工事のいわゆる業者格付けに関わるだけに不正が行われやすく、特に評点を上げる方向での虚偽申請が問題になっています。
経営事項審査で虚偽の申請をすることは、建設業法第50条第4項の規定により6ヵ月以下の懲役または100万円以下の罰金に、また、報告又は資料の提供を求められたにもかかわらず応じない場合には、同法第52条第4項の規定により100万円以下の罰金に処せられます。
それだけではなく、そのような行為については、公共工事の発注機関からの指名停止だけではなく、建設業の許可取消し処分の対象にもなり得ます。
したがって、虚偽の申請が発覚すると、建設業の営業にとって大きなペナルティにはなりますが、それでも不正はなくなっていきません。
こうした現状から、虚偽申請への対策は強化され続け、経営状況分析を行う分析機関と、経営規模等評価を行う行政庁が連携して不正防止に取り組んでいます。
経営状況分析機関においては、異常値を示す申請に対して、追加で資料の提示を求めることと、一定の基準に該当する場合には、行政庁に報告しています。
許可行政庁においては、申請時の書類の整合性確認は当然ながら、他にも完成工事高と技術職員数によるチェックが行われます。
このチェックは、完成工事高に対して異常に技術職員数が少なければ完成工事高の水増し（粉飾決算）が、異常に技術職員が多い場合には技術職員数の水増し（名義貸し等）が疑われる結果になります。
そして、経営状況分析機関からの報告と、許可行政庁によるチェックによって、重点審査対象が選定され、立入検査や対面審査が行われます。